不同信號傳遞系統之間存在相互作用。例如，用細胞壁降解酶（CWE）處理擬南芥，可激發對軟腐病（Erwiniacarotovora）的系統抗病性，這與接種病原菌的表現一致。利用乙烯和JA信號傳遞途徑的標記基因以及可以分別阻斷乙烯途徑與JA途徑的突變體進行研究，發現CWE誘導的標記基因活化，依賴於乙烯和JA。CWE不誘導SA依賴的基因，例如PR-1。但SA有雙重作用，既增強依賴乙烯和JA的基因表達，又抑制只依賴JA的基因表達。這表明存在不同途徑之間的「對話」（crosstalk）。SA可作為JA與乙烯依賴性防衛反應的增效劑。
植物根圍的促生細菌，可誘導植物對葉部病原菌的抗病性。用熒光假單胞菌接種擬南芥，則誘導出不依賴SA的誘導系統抗病性（ISR）。ISR的表達雖然不依賴PR蛋白，但仍需要NPR1蛋白，後者是SAR途徑的重要成分。相反地，擬南芥依賴SA的對病毒的抗病性卻不依賴NPR1。由此可見，盡管有不同的信號傳遞途徑在起作用，但這些途徑可能共用某些相同的組分，僅連接方式不同而已。各種信號傳遞途徑的組分很多，但其下游收斂，僅涉及少數蛋白質分子，看來不同的信號傳遞過程，可能存在著共同的樞紐基因，對下游的多種防衛反應起重要的調控作用。
在水楊酸、茉莉酸和乙烯等信號分子之間存在高水平的協調（Reymond等，2000），R基因信號傳遞並不是若幹事件的線性串連，而是一個信號網路（signalingnetwork）。不同的途徑之間相互作用，導致對不同病原物的防衛反應。