不同信号传递系统之间存在相互作用。例如，用细胞壁降解酶（CWE）处理拟南芥，可激发对软腐病（Erwiniacarotovora）的系统抗病性，这与接种病原菌的表现一致。利用乙烯和JA信号传递途径的标记基因以及可以分别阻断乙烯途径与JA途径的突变体进行研究，发现CWE诱导的标记基因活化，依赖于乙烯和JA。CWE不诱导SA依赖的基因，例如PR-1。但SA有双重作用，既增强依赖乙烯和JA的基因表达，又抑制只依赖JA的基因表达。这表明存在不同途径之间的“对话”（crosstalk）。SA可作为JA与乙烯依赖性防卫反应的增效剂。
植物根围的促生细菌，可诱导植物对叶部病原菌的抗病性。用荧光假单胞菌接种拟南芥，则诱导出不依赖SA的诱导系统抗病性（ISR）。ISR的表达虽然不依赖PR蛋白，但仍需要NPR1蛋白，后者是SAR途径的重要成分。相反地，拟南芥依赖SA的对病毒的抗病性却不依赖NPR1。由此可见，尽管有不同的信号传递途径在起作用，但这些途径可能共用某些相同的组分，仅连接方式不同而已。各种信号传递途径的组分很多，但其下游收敛，仅涉及少数蛋白质分子，看来不同的信号传递过程，可能存在着共同的枢纽基因，对下游的多种防卫反应起重要的调控作用。
在水杨酸、茉莉酸和乙烯等信号分子之间存在高水平的协调（Reymond等，2000），R基因信号传递并不是若干事件的线性串连，而是一个信号网络（signalingnetwork）。不同的途径之间相互作用，导致对不同病原物的防卫反应。