面对僵尸网络攻击，企业应采取一系列防御措施。首先，网络管理员可利用被动操作系统指纹识别技术，通过防火墙设备来识别僵尸网络攻击，并据此采取行动。安装入侵防御系统是最佳防御策略之一，这种系统配备了专用硬件，能够提供更有效的防护。
一些僵尸网络通过免费DNS服务将子域指向藏匿“肉鸡”的IRC服务器。清除这些DNS服务可以破坏整个僵尸网络。近期，一些公司正致力于清除这些域名子域，将其称为“空路由”。然而，僵尸网络结构存在固有的漏洞，如发现一个拥有僵尸网络通道的服务器会暴露其他所有服务器。
基于主机的技术使用启发式方法识别绕过传统反病毒机制的僵尸行为。基于网络的方法则逐步关闭僵尸网络赖以生存的服务器，例如“空路由”的DNS项目，或完全关闭IRC服务器。然而，新一代僵尸网络几乎完全都是P2P的，将命令和控制嵌入其中，避免单一节点失效。
值得注意的是，新一代僵尸网络能够检测并响应任何试图分析其工作方式的企图，甚至可以将研究者从网络中断开。因此，单位需要专业的僵尸网络解决方案。FireEye、Damballa、SecureWorks和eEye Digital Security等公司提供了商业或开源产品来应对这些威胁。
对于大型企业而言，使用这些产品可以提供清晰的攻击视图，而无需依赖签名。FireEye的虚拟机技术可以减轻攻击者破坏虚拟机的危险。其解决方案能够识别僵尸网络节点，阻止其与客户端网络的通信。
对于小型公司，谨慎选择互联网供应商是防御DDoS攻击的关键。选择能够在高速链路接入水平上确认和过滤攻击的供应商可以提高安全性。
尽管DDoS攻击活动容易被发现且强度大，防御者可以轻松隔离并清除僵尸网络。犯罪组织通常保留其资源用于既能带来更多金钱又能减少暴露的任务。